Anabolisme - fotosintesis

Anabolisme adalah proses kimia tingkat molekuler yang berkaitan dengan penyusunan senyawa dari yang sederhana menjadi kompleks yang terjadi di dalam sebuah sel.

Contoh dari Anabolisme yang paling terkenal adalah proses fotosintesis. Proses fotosintesis terjadi dalam 2 tahap yaitu Reaksi terang dan reaksi gelap. Proses ini terjadi di dalam butir-butir plastida. Kebanyakan daun memiliki plastida yang berwarna hijau jadi disebut dengan kloroplas. Berikut ini adalah organel yang disebut dengan kloroplas.

Organel ini memiliki bagian-bagian:

1. Tilakoid


2. Ruang tilakoid


3. Grana


4. Stroma


5. Ruang antar membran

Disebutkan di atas bahwa fotosintesis terjadi dalam dua tahap yaitu reaksi terang dan reaksi gelap. Reaksi terang terjadi di bagian dengan keterangan no 1 sedangkan reaksi gelap terjadi pada nomor 4.

Fotosistem adalah suatu unit yang mampu menangkap energi cahaya matahari yang terdiri dari klorofil a, kompleks antena, dan akseptor elektron.^[7] Di dalam kloroplas terdapat beberapa macam klorofil dan pigmen lain, seperti klorofil a yang berwarna hijau muda, klorofil b berwarna hijau tua, dan karoten yang berwarna kuning sampai jingga.^[7] Pigmen-pigmen tersebut mengelompok dalam membran tilakoid dan membentuk perangkat pigmen yang berperan penting dalam fotosintesis.^[11]

Klorofil a berada dalam bagian pusat reaksi.^[12] Klorofil ini berperan dalam menyalurkan elektron yang berenergi tinggi ke akseptor utama elektron.^[12] Elektron ini selanjutnya masuk ke sistem siklus elektron.^[12] Elektron yang dilepaskan klorofil a mempunyai energi tinggi sebab memperoleh energi dari cahaya yang berasal dari molekul perangkat pigmen yang dikenal dengan kompleks antena.^[11]

Pada tumbuhan fotosistem dapat dibedakan menjadi dua, yaitu fotosistem I dan fotosistem II.^[11] Pada fotosistem I ini penyerapan energi cahaya dilakukan oleh klorofil a yang sensitif terhadap cahaya dengan panjang gelombang 700 nm sehingga klorofil a disebut juga P700.^[13] Energi yang diperoleh P700 ditransfer dari kompleks antena.^[13] Pada fotosistem II penyerapan energi cahaya dilakukan oleh klorofil a yang sensitif terhadap panjang gelombang 680 nm sehingga disebut P680.^[14] P680 yang teroksidasi merupakan agen pengoksidasi yang lebih kuat daripada P700.^[14] Dengan potensial redoks yang lebih besar, akan cukup elektron negatif untuk memperoleh elektron dari molekul-molekul air.^[7]

Perhatikan gambar berikut



Reaksi terang adalah reaksi yang melibatkan tenaga matahari sedangkan reaksi gelap (calvin-Benson Cycle) dapat terjadi tanpa kehadiran sinar matahari.

Dari gambar tersebut dapat dilihat bahwa:

• Reaksi terang dan gelap berkaitan, kaitannya adalah reaksi terang menyediakan energi untuk melangsungkan reaksi bagi reaksi gelap. Energi yang dipersiapkan oleh reaksi terang berupa ATP dan NADPH.


• ATP diperoleh dari tenaga foton yang berasal dari matahari dan H+ pada NADPH berasal dari pemecahan air. Selain itu pemecahan air juga menghasilkan oksigen yang akan dibebaskan ke lingkungan.


• Pada raksi gelap dihasilkan gula dengan memanfaatkan CO2 lingkungan.

FOTOSISTEM

Fotosistem adalah suatu unit yang mampu menangkap energi cahaya matahari yang terdiri dari klorofil a, kompleks antena, dan akseptor elektron.^[7] Di dalam kloroplas terdapat beberapa macam klorofil dan pigmen lain, seperti klorofil a yang berwarna hijau muda, klorofil b berwarna hijau tua, dan karoten yang berwarna kuning sampai jingga.^[7] Pigmen-pigmen tersebut mengelompok dalam membran tilakoid dan membentuk perangkat pigmen yang berperan penting dalam fotosintesis.^[11]

Klorofil a berada dalam bagian pusat reaksi.^[12] Klorofil ini berperan dalam menyalurkan elektron yang berenergi tinggi ke akseptor utama elektron.^[12] Elektron ini selanjutnya masuk ke sistem siklus elektron.^[12] Elektron yang dilepaskan klorofil a mempunyai energi tinggi sebab memperoleh energi dari cahaya yang berasal dari molekul perangkat pigmen yang dikenal dengan kompleks antena.^[11]

Fotosistem sendiri dapat dibedakan menjadi dua, yaitu fotosistem I dan fotosistem II.^[11] Pada fotosistem I ini penyerapan energi cahaya dilakukan oleh klorofil a yang sensitif terhadap cahaya dengan panjang gelombang 700 nm sehingga klorofil a disebut juga P700.^[13] Energi yang diperoleh P700 ditransfer dari kompleks antena.^[13] Pada fotosistem II penyerapan energi cahaya dilakukan oleh klorofil a yang sensitif terhadap panjang gelombang 680 nm sehingga disebut P680.^[14] P680 yang teroksidasi merupakan agen pengoksidasi yang lebih kuat daripada P700.^[14] Dengan potensial redoks yang lebih besar, akan cukup elektron negatif untuk memperoleh elektron dari molekul-molekul air.^[7]

Fotosintesis pada tumbuhan

Tumbuhan bersifat autotrof.^[4] Autotrof artinya dapat mensintesis makanan langsung dari senyawa anorganik.^[4] Tumbuhan menggunakan karbon dioksida dan air untuk menghasilkan gula dan oksigen yang diperlukan sebagai makanannya. Energi untuk menjalankan proses ini berasal dari fotosintesis. Perhatikan persamaan reaksi yang menghasilkan glukosa berikut ini:

6H₂O + 6CO₂ + cahaya → C₆H₁₂O₆ (glukosa) + 6O₂

Glukosa dapat digunakan untuk membentuk senyawa organik lain seperti selulosa dan dapat pula digunakan sebagai bahan bakar.^[4] Proses ini berlangsung melalui respirasi seluler yang terjadi baik pada hewan maupun tumbuhan.^[4] Secara umum reaksi yang terjadi pada respirasi seluler berkebalikan dengan persamaan di atas.^[4] Pada respirasi, gula (glukosa) dan senyawa lain akan bereaksi dengan oksigen untuk menghasilkan karbon dioksida, air, dan energi kimia.^[4]

Tumbuhan menangkap cahaya menggunakan pigmen yang disebut klorofil.^[4] Pigmen inilah yang memberi warna hijau pada tumbuhan. Klorofil terdapat dalam organel yang disebut kloroplas.^[4] klorofil menyerap cahaya yang akan digunakan dalam fotosintesis.^[4] Meskipun seluruh bagian tubuh tumbuhan yang berwarna hijau mengandung kloroplas, namun sebagian besar energi dihasilkan di daun.^[4] Di dalam daun terdapat lapisan sel yang disebut mesofil yang mengandung setengah juta kloroplas setiap milimeter perseginya.^[4] Cahaya akan melewati lapisan epidermis tanpa warna dan yang transparan, menuju mesofil, tempat terjadinya sebagian besar proses fotosintesis.^[4] Permukaan daun biasanya dilapisi oleh kutikula dari lilin yang bersifat anti air untuk mencegah terjadinya penyerapan sinar matahari ataupun penguapan air yang berlebihan.^[4]

Fotosintesis pada alga dan bakteri

Alga terdiri dari alga multiseluler seperti ganggang hingga alga mikroskopik yang hanya terdiri dari satu sel.^[15] Meskipun alga tidak memiliki struktur sekompleks tumbuhan darat, fotosintesis pada keduanya terjadi dengan cara yang sama.^[15] Hanya saja karena alga memiliki berbagai jenis pigmen dalam kloroplasnya, maka panjang gelombang cahaya yang diserapnya pun lebih bervariasi.^[15] Semua alga menghasilkan oksigen dan kebanyakan bersifat autotrof.^[15] Hanya sebagian kecil saja yang bersifat heterotrof yang berarti bergantung pada materi yang dihasilkan oleh organisme lain.^[15]

Proses

Hingga sekarang fotosintesis masih terus dipelajari karena masih ada sejumlah tahap yang belum bisa dijelaskan, meskipun sudah sangat banyak yang diketahui tentang proses vital ini.^[16] Proses fotosintesis sangat kompleks karena melibatkan semua cabang ilmu pengetahuan alam utama, seperti fisika, kimia, maupun biologi sendiri.^[16] 

Pada tumbuhan, organ utama tempat berlangsungnya fotosintesis adalah daun.^[16] Namun secara umum, semua sel yang memiliki kloroplas berpotensi untuk melangsungkan reaksi ini.^[17] Di organel inilah tempat berlangsungnya fotosintesis, tepatnya pada bagian stroma.^[16] Hasil fotosintesis (disebut fotosintat) biasanya dikirim ke jaringan-jaringan terdekat terlebih dahulu.^[16]

Pada dasarnya, rangkaian reaksi fotosintesis dapat dibagi menjadi dua bagian utama: reaksi terang (karena memerlukan cahaya) dan reaksi gelap (tidak memerlukan cahaya tetapi memerlukan karbon dioksida).^[18]

Reaksi terang terjadi pada grana (tunggal: granum), sedangkan reaksi gelap terjadi di dalam stroma.^[18] Dalam reaksi terang, terjadi konversi energi cahaya menjadi energi kimia dan menghasilkan oksigen (O₂).^[18] Sedangkan dalam reaksi gelap terjadi seri reaksi siklik yang membentuk gula dari bahan dasar CO₂ dan energi (ATP dan NADPH).^[18] Energi yang digunakan dalam reaksi gelap ini diperoleh dari reaksi terang.^[18] Pada proses reaksi gelap tidak dibutuhkan cahaya matahari. Reaksi gelap bertujuan untuk mengubah senyawa yang mengandung atom karbon menjadi molekul gula.^[18] Dari semua radiasi matahari yang dipancarkan, hanya panjang gelombang tertentu yang dimanfaatkan tumbuhan untuk proses fotosintesis, yaitu panjang gelombang yang berada pada kisaran cahaya tampak (380-700 nm).^[18] Cahaya tampak terbagi atas cahaya merah (610 - 700 nm), hijau kuning (510 - 600 nm), biru (410 - 500 nm) dan violet (< 400 nm).^[19] Masing-masing jenis cahaya berbeda pengaruhnya terhadap fotosintesis.^[19] Hal ini terkait pada sifat pigmen penangkap cahaya yang bekerja dalam fotosintesis.^[19] Pigmen yang terdapat pada membran grana menyerap cahaya yang memiliki panjang gelombang tertentu.^[19] Pigmen yang berbeda menyerap cahaya pada panjang gelombang yang berbeda.^[19] Kloroplas mengandung beberapa pigmen. Sebagai contoh, klorofil a terutama menyerap cahaya biru-violet dan merah.^[19] Klorofil b menyerap cahaya biru dan oranye dan memantulkan cahaya kuning-hijau. Klorofil a berperan langsung dalam reaksi terang, sedangkan klorofil b tidak secara langsung berperan dalam reaksi terang.^[19] Proses absorpsi energi cahaya menyebabkan lepasnya elektron berenergi tinggi dari klorofil a yang selanjutnya akan disalurkan dan ditangkap oleh akseptor elektron.^[12] Proses ini merupakan awal dari rangkaian panjang reaksi fotosintesis.

Reaksi terang

Reaksi terang dari fotosintesis pada membran tilakoid

Reaksi terang adalah proses untuk menghasilkan ATP dan reduksi NADPH₂.^[20] Reaksi ini memerlukan molekul air dan cahaya matahari. Proses diawali dengan penangkapan foton oleh pigmen sebagai antena.^[20]

Reaksi terang melibatkan dua fotosistem yang saling bekerja sama, yaitu fotosistem I dan II.^[21] Fotosistem I (PS I) berisi pusat reaksi P700, yang berarti bahwa fotosistem ini optimal menyerap cahaya pada panjang gelombang 700 nm, sedangkan fotosistem II (PS II) berisi pusat reaksi P680 dan optimal menyerap cahaya pada panjang gelombang 680 nm.^[21]

Mekanisme reaksi terang diawali dengan tahap dimana fotosistem II menyerap cahaya matahari sehingga elektron klorofil pada PS II tereksitasi dan menyebabkan muatan menjadi tidak stabil.^[21] Untuk menstabilkan kembali, PS II akan mengambil elektron dari molekul H₂O yang ada disekitarnya. Molekul air akan dipecahkan oleh ion mangan (Mn) yang bertindak sebagai enzim.^[21] Hal ini akan mengakibatkan pelepasan H+ di lumen tilakoid. Dengan menggunakan elektron dari air, selanjutnya PS II akan mereduksi plastokuinon (PQ) membentuk PQH₂.^[21] Plastokuinon merupakan molekul kuinon yang terdapat pada membran lipid bilayer tilakoid. Plastokuinon ini akan mengirimkan elektron dari PS II ke suatu pompa H⁺ yang disebut sitokrom b₆-f kompleks.^[20] Reaksi keseluruhan yang terjadi di PS II adalah^[21]:

2H₂O + 4 foton + 2PQ + 4H^- → 4H⁺ + O₂ + 2PQH₂
Sitokrom b₆-f kompleks berfungsi untuk membawa elektron dari PS II ke PS I dengan mengoksidasi PQH₂ dan mereduksi protein kecil yang sangat mudah bergerak dan mengandung tembaga, yang dinamakan plastosianin (PC).^[21] Kejadian ini juga menyebabkan terjadinya pompa H⁺ dari stroma ke membran tilakoid.^[21] Reaksi yang terjadi pada sitokrom b₆-f kompleks adalah^[21]:

2PQH₂ + 4PC(Cu²⁺) → 2PQ + 4PC(Cu⁺) + 4 H⁺ (lumen)
Elektron dari sitokrom b₆-f kompleks akan diterima oleh fotosistem I.^[21] Fotosistem ini menyerap energi cahaya terpisah dari PS II, tapi mengandung kompleks inti terpisahkan, yang menerima elektron yang berasal dari H₂O melalui kompleks inti PS II lebih dahulu.^[21] Sebagai sistem yang bergantung pada cahaya, PS I berfungsi mengoksidasi plastosianin tereduksi dan memindahkan elektron ke protein Fe-S larut yang disebut feredoksin.^[21] Reaksi keseluruhan pada PS I adalah^[21]:

Cahaya + 4PC(Cu⁺) + 4Fd(Fe³⁺) → 4PC(Cu²⁺) + 4Fd(Fe²⁺)
Selanjutnya elektron dari feredoksin digunakan dalam tahap akhir pengangkutan elektron untuk mereduksi NADP⁺ dan membentuk NADPH.^[21] Reaksi ini dikatalisis dalam stroma oleh enzim feredoksin-NADP⁺ reduktase.^[21] Reaksinya adalah^[21]:

4Fd (Fe²⁺) + 2NADP⁺ + 2H⁺ → 4Fd (Fe³⁺) + 2NADPH
Ion H⁺ yang telah dipompa ke dalam membran tilakoid akan masuk ke dalam ATP sintase.^[1] ATP sintase akan menggandengkan pembentukan ATP dengan pengangkutan elektron dan H⁺ melintasi membran tilakoid.^[1] Masuknya H⁺ pada ATP sintase akan membuat ATP sintase bekerja mengubah ADP dan fosfat anorganik (Pi) menjadi ATP.^[1] Reaksi keseluruhan yang terjadi pada reaksi terang adalah sebagai berikut^[1]:

Sinar + ADP + Pi + NADP⁺ + 2H₂O → ATP + NADPH + 3H⁺ + O₂

Reaksi gelap

Reaksi gelap pada tumbuhan dapat terjadi melalui dua jalur, yaitu siklus Calvin-Benson dan siklus Hatch-Slack.^[22] Pada siklus Calvin-Benson tumbuhan mengubah senyawa ribulosa 1,5 bisfosfat menjadi senyawa dengan jumlah atom karbon tiga yaitu senyawa 3-phosphogliserat.^[22] Oleh karena itulah tumbuhan yang menjalankan reaksi gelap melalui jalur ini dinamakan tumbuhan C-3.^[22] Penambatan CO₂ sebagai sumber karbon pada tumbuhan ini dibantu oleh enzim rubisco.^[22] Tumbuhan yang reaksi gelapnya mengikuti jalur Hatch-Slack disebut tumbuhan C-4 karena senyawa yang terbentuk setelah penambatan CO₂ adalah oksaloasetat yang memiliki empat atom karbon. Enzim yang berperan adalah phosphoenolpyruvate carboxilase.^[22]

Siklus Calvin-Benson

Siklus Calvin-Benson

Mekanisme siklus Calvin-Benson dimulai dengan fiksasi CO₂ oleh ribulosa difosfat karboksilase (RuBP) membentuk 3-fosfogliserat.^[22] RuBP merupakan enzim alosetrik yang distimulasi oleh tiga jenis perubahan yang dihasilkan dari pencahayaan kloroplas. Pertama, reaksi dari enzim ini distimulasi oleh peningkatan pH.^[22] Jika kloroplas diberi cahaya, ion H⁺ ditranspor dari stroma ke dalam tilakoid menghasilkan peningkatan pH stroma yang menstimulasi enzim karboksilase, terletak di permukaan luar membran tilakoid.^[22] Kedua, reaksi ini distimulasi oleh Mg²⁺, yang memasuki stroma daun sebagai ion H⁺, jika kloroplas diberi cahaya.^[22] Ketiga, reaksi ini distimulasi oleh NADPH, yang dihasilkan oleh fotosistem I selama pemberian cahaya.^[22]

Fiksasi CO₂ ini merupakan reaksi gelap yang distimulasi oleh pencahayaan kloroplas.^[12] Fikasasi CO2 melewati proses karboksilasi, reduksi, dan regenerasi.^[23] Karboksilasi melibatkan penambahan CO₂ dan H₂O ke RuBP membentuk dua molekul 3-fosfogliserat(3-PGA).^[23] Kemudian pada fase reduksi, gugus karboksil dalam 3-PGA direduksi menjadi 1 gugus aldehida dalam 3-fosforgliseradehida (3-Pgaldehida).^[23] Reduksi ini tidak terjadi secara langsung, tapi gugus karboksil dari 3-PGA pertama-tama diubah menjadi ester jenis anhidrida asam pada asam 1,3-bifosfogliserat (1,3-bisPGA) dengan penambahan gugus fosfat terakhir dari ATP.^[23] ATP ini timbul dari fotofosforilasi dan ADP yang dilepas ketika 1,3-bisPGA terbentuk, yang diubah kembali dengan cepat menjadi ATP oleh reaksi fotofosforilasi tambahan.^[23] Bahan pereduksi yang sebenarnya adalah NADPH, yang menyumbang 2 elektron.^[23] Secara bersamaan, Pi dilepas dan digunakan kembali untuk mengubah ADP menjadi ATP.^[23]

Pada fase regenerasi, yang diregenerasi adalah RuBP yang diperlukan untuk bereaksi dengan CO₂ tambahan yang berdifusi secara konstan ke dalam dan melalui stomata.^[24] Pada akhir reaksi Calvin, ATP ketiga yang diperlukan bagi tiap molekul CO₂ yang ditambat, digunakan untuk mengubah ribulosa-5-fosfat menjadi RuBP, kemudian daur dimulai lagi.^[24]

Tiga putaran daur akan menambatkan 3 molekul CO₂ dan produk akhirnya adalah 1,3-Pgaldehida.^[12] Sebagian digunakan kloroplas untuk membentuk pati, sebagian lainnya dibawa keluar.^[12] Sistem ini membuat jumlah total fosfat menjadi konstan di kloroplas, tetapi menyebabkan munculnya triosafosfat di sitosol.^[12] Triosa fosfat digunakan sitosol untuk membentuk sukrosa.^[12][24]

Siklus Hatch-Slack

Siklus Hatch-Slack

Berdasarkan cara memproduksi glukosa, tumbuhan dapat dibedakan menjadi tumbuhan C3 dan C4.^[25] Tumbuhan C3 merupakan tumbuhan yang berasal dari daerah subtropis.^[25] Tumbuhan ini menghasilkan glukosa dengan pengolahan CO₂ melalui siklus Calvin, yang melibatkan enzim Rubisco sebagai penambat CO₂.^[25] Tumbuhan C3 memerlukan 3 ATP untuk menghasilkan molekul glukosa.^[25] Namun, ATP ini dapat terpakai sia-sia tanpa dihasilkannya glukosa.^[26] Hal ini dapat terjadi jika ada fotorespirasi, di mana enzim Rubisco tidak menambat CO₂ tetapi menambat O₂.^[26] Tumbuhan C4 adalah tumbuhan yang umumnya ditemukan di daerah tropis.^[26] Tumbuhan ini melibatkan dua enzim di dalam pengolahan CO₂ menjadi glukosa.^[26] Enzim phosphophenol pyruvat carboxilase (PEPco) adalah enzim yang akan mengikat CO₂ dari udara dan kemudian akan menjadi oksaloasetat.^[26] Oksaloasetat akan diubah menjadi malat.^[26] Malat akan terkarboksilasi menjadi piruvat dan CO₂.^[26] Piruvat akan kembali menjadi PEPco, sedangkan CO₂ akan masuk ke dalam siklus Calvin yang berlangsung di sel bundle sheath dan melibatkan enzim RuBP.^[26] Proses ini dinamakan siklus Hatch Slack, yang terjadi di sel mesofil.^[27] Dalam keseluruhan proses ini, digunakan 5 ATP.^[27]

-------------------------------------------------------------------------------------

Sebagian kutipan di ambil dari Wikipedia :

Sistem Transport Elektron - STE

Inilah konsepnya pembentukan ATP dengan menggunakan Sistem Transport Elektron  pada mitokondria :

1. Energi yang dihasilkan oleh sistem transport elektron menghasilkan sistem transport aktif untuk mengeluarkan H+
2. Sistem transport aktif memompa proton (H+) dari matriks ke ruang intermembran
3. Gradient proton terbentuk dengan pH di luar lebih rendah dibanding di dalam, proton yang ada di luar harus kembali lagi ke dalam matriks untuk menyamakan kondisi pH.
4. Ketika proton kembali ke dalam matriks melewati enzim ATP sintase, maka energi bebas terbentuk (21kj/mol untuk tiap H) dan digunakan untuk menyatukan 1 molekul ADP dengan 1 molekul phosphat yang ada di matriks mitokondria untuk membentuk 1 molekul ATP.

Katabolisme

Katabolisme adalah serangkaian proses kimia yang terjadi dalam tingkat seluler yang bertujuan mengubah materi organik yang kompleks menjadi materi anorganik yang lebih sederhana untuk menghasilkan energi.

Contoh dari katabolisme adalah proses penghasilan tenaga/respirasi.

Penghasilan tenaga yang terjadi di dalam sel terjadi dalam 4 tahap besar yaitu :

1. Glikolisis


2. Dekarboksilasi oksidatif


3. Siklus Kreb's


4. Sistem transfer elektron.

Peristiwa yang terjadi dalam glikolisis (gliko atau glukosa ; lisis atau pecah ) adalah proses perombakan Glukosa.

Hal yang perlu diperhatikan dalam katabolisme glukosa mulai dari sekarang adalah

• pahami jumlah atom karbon yang menyusun suatu senyawa


• letak terjadinya suatu reaksi


• apakah dihasilkan gas karbondioksida


• Apakah terjadi proses fosforilasi

fosforilasi adalah proses yang melibatkan pembentukan 3 phosphat dari 2 phophat atau dengan kata lain proses yang melibatkan ATP dan ADP.

Glukosa memiliki jumlah atom karbon (C) sebanyak 6. berikut ini adalah 10 tahapan glikolisis.



Konsep pada glikolisis adalah

• 1 molekul glukosa dengan 6 atom C akan dipecah menjadi 2 molekul asam piruvat.

Asam piruvat memiliki atom karbon sebanyak 3 buah. Reaksi kimia glikolisis keseluruhan adalah :

C₆H₁₂O₆  -->2CH₃COCO₂H + 2ATP + 2 NADH reaksi ini terjadi di dalam sitoplasma.

Yang harus diperhatikan pada 10 reaksi glikolisis tersebut adalah :

• apakah dalam reaksi katabolisme (glikolisis) tersebut menghasilkan CO2?


• Apakah membutuhkan O2?


• Dimanakah letak-letak proses fosforilasi dan penghasilan NADH?

Pembahasan: reaksi ini terjadi di sitoplasma karena dalam reaksi ini tidak terjadi pengikatan oksigen maka reaksi ini bersifat anaerob. Jika dilihat dari hasil akhir reaksi pada molekul terakhir, asam piruvat, jumlah atom C tetap 6 maka reaksi glikolisis tidak terjadi pembebasan CO2.

Tahap ke dua dari proses katabolisme glukosa adalah dekarboksilasi oksidatif, yaitu pelepasan gugus karboksil dari asam piruvat yang membebaskan 1 molekul glukosa.Pada prinsipnya proses ini merubah molekul 3 karbon menjadi molekul 2 karbon.

karena dalam proses glikolisis dihasilkan 2 asam piruvat maka akan dihasilkan 2 molekul karbondioksida. Dampak dari pelepasan gugus karboksil adalah asam piruvat berubah menjadi asetil koenzim A. konsep yang perlu dipahami adalah setiap terjadi pelepasan gugus CO2 maka akan terjadi pengurangan jumlah karbon dalam molekul. contoh yang paling mudah adalah pada tahap ini yaitu asam piruvat (3C) berubah menjadi asetil Co-A (2C).

Tahap ketiga dari reaksi katabolisme glukosa adalah siklus Kreb's.

Rangkaian reaksi ini berupa siklus. Reaksi ini terjadi di dalam matriks(cairan) mitokondria. Pada organisme eukariotik yang memiliki membran inti maka dibutuhkan energi sebesar 2 ATP. Akan tetapi pada organisme prokariotik yang tidak memiliki membran inti dan tidak memiliki mitokondria tidak membutuhkan ATP untuk melangsungkan siklus Kreb's. inilah reaksinya:



Untuk mempelajari siklus ini perhatikanlah:

• Jumlah atom C pada setiap reaksi apakah terjadi pengurangan. jika terjadi pengurangan maka akan terjadi pelepasan gugug karboksil.
  
  
  
  • dari sitrat sampai dengan isositrat tidak terjadi pengurangan jumlah atom c
  
  
  • terjadi pengurangan atom C ketika menjadi molekul ketoglutarat
  
  
  • terjadi lagi pengurangan atom C pada reaksi berikutnya sehingga terbentuk suksinil co-A
  
  
  • Dari suksinil co-A sampai oksaloasetat tidak terjadi pengurangan atom C lagi
  
  
  • .
  
  
  • kesimpulannya pelepasan CO2 pada siklus krebs terjadi sebanyak 2 kali, jadi siklus krebs merupakan siklus dari 6C menjadi 4C dan kembali menjadi 6C dengan menambahkan 2 atom karbon dari asetil co-A pada oksaloasetat.


• Senyawa-senyawa yang melepaskan ion Hidrogen seperti : isositrat, alfa-ketoglutarat, suksinat dan malat. Karena senyawa-senyawa tersebut akan menghasilkan NADH atau FADH.kecuali suksinat akan menghasilkan NADH.


• perhatikan pula apakah menghasilkan ATP.

Dari berbagai informasi tentunya anda sudah mengetahui bahwa Siklus Kreb's adalah reaksi kimia yang paling banyak menghasillkan energi. akan tetapi di sini mengapa Anda tidak melihat dihasilkan ATP satu pun. Menagapa?

Inilah jawabannya. Siklus Kreb's merupakan reaksi penghasilan tenaga yang paling banyak adalah memang benar karena walaupun siklus krebs tidak menghasilkan ATP satu molekulpun akan tetapi pada siklus ini menghasilkan energi dalam ikatan NADH ataupun FADH. Nah FADH dan NADH inilah yang akan dikonversi menjadi ATP pada rangkaian reaksi berikutnya, yaitu sistem transfer elektron (STE) yang terjadi pada membran dalam mitokondria.

NADH dan FADH di dalam STE akan dikonversi menjadi ATP. 1 NADH akan menghasilkan ATP sebanyak 3 molekul. sedangkan FADH akan menghasilkan ATP sebanyak 2 molekul.

Itulah konsep tentang katabolisme glukosa, posting selanjutnya adalah mengenai

• SISTEM TRANSPORT ELEKTRON UNTUK MENGUBAH NADH DAN FADH MENJADI ATP

Protein

Enzim dan metabolisme

Konsep yang perlu diperhatikan dalam mempelajari metabolisme sel adalah dengan mempelajari konsep-konsep berikut,  :

1. bahwa dalam metabolisme membutuhkan enzim untuk menjalankan proses metabolisme di dalam sel.


2. metabolisme meliputi proses perombakan materi dan pembentukan materi.


3. Metabolisme terjadi tidak dalam satu tahapan reaksi saja tetapi merupakan rangkaian beberapa reaksi yang saling berkesinambungan.

Dengan mengingat 3 hal tersebut maka perlu diketahui apa Enzim tersebut, bagaimana proses perombakan dan pembentuka/penyusunan materi dan tahapan reaksinya.

Bagian pertama akan dipelajari mengenai Enzim:

Enzim adalah molekul protein berukuran besar yang dapat mempercepat terjadinya suatu reaksi kimia. Enzim disebut juga biokatalisator karena mempercepat reaksi kimia yang terjaadi di dalam tubuh mahkluk hidup.

Konsep mengenai enzim yang sebaiknya dikuasai adalah :

1. Enzim merupakan protein

    Karena enzim merupakan protein, maka enzim memiliki karakter-karakter protein.

2.Enzim bersifat spesifik.

• Satu enzim hanya bisa melakukan reaksi terhadap satu macam substrat saja. (Lock & Key theory)


• Enzim hanya bekerja pada bagian tertentu suatu substrat

3. Enzim kerjanya dipengaruhi oleh faktor lingkungan berupa,

• suhu


• pH

4. Umumnya bekerja searah

Sekarang kita beranjak ke Metabolisme. Metabolisme adalah reaksi kimia yang terjadi di dalam sel. Proses ini meliputi:

• Katabolisme


• Anabolisme

Katabolisme adalah proses perombakan senyawa yang mengandung energi dan diproses melalu serangkaian raksi kimia untuk diubah menjadi energi. Sedangkan anabolisme adalah proses reaksi kimia yang bertujuan untuk membentuk senyawa kompleks dari senyawa-senyawa yang sederhana.

Contoh yang terkenal dari katabolisme adalah glikolisis, selain itu ada juga beta oksidasi. Sedangkan contoh anabolisme adalah fotosintesis (pembentukan glukosa dari CO2).

Posting selanjutnya adalah

• Katabolisme (glikolisis, dekarboksilasi oksidatif, siklus Kreb's)


• STE


• Anabolisme

Tragedi Sopir Taxi

---

Seorang penumpang taksi berniat bertanya seuatu kepada sopir taxi dengan mencolek bahunya . Sopir tersebut menjerit, taxinya kehilangan kendali, hampir menabrak bus, naik ke atas trotoar, dan berhenti tepat beberapa meter dari jendela sebuah toko.

Suasana menjadi hening di dalam taxi tersebut,si sopir berkata, "dengar pak, jangan pernah melakukannya lagi, Anda membuat saya takut setengah mati!." Penumpang tersebut meminta maaf dan berkata, "Aku tidak tau kalo mencolek bahu anda itu membuat anda ketakutan." Sopir itu menjawab, "Maaf, ini bukan murni kesalahan bapak. Hari ini adalah hari pertama saya sebagai sopir taksi. sebelumnya saya telah menjadi sopir mobil mayat selama 25 tahun."

Pembicaraan sewaktu mengurus visa

Consul: "Your name please?"
Saudi: "Abdul-Aziz."
Consul: "Sex?"
Saudi: "Six time a week."
Consul: "I mean, male or female?"
Saudi: "Both male and female sometime even camels."
Consul: "Holy cow!"
Saudi: "Yes, cows & dogs too."
Consul: "Man, isn't that hostile?"
Saudi: "Horse style, dog style, any style!"
Consul: "Oh dear!"
Saudi: "Deer? No deer, they run too fast.

Pembuat crop circle tertangkap kamera

Akhirnya misteri pembuat crop circle tidak bisa diungkap oleh aparat keamanan justru seorang fotografer yang mampu menangkapnya. Bagi Anda yang ingin tahu Ini dia pelakunya:



Just 4 kidding!

pembuatan nata de coco

1. Persiapan media starter

Starter atau biakan mikroba merupakan suatu bahan yang paling penting dalam pembentukan nata. Sebagai starter, digunakan biakan murni dari Acetobacter xylinum. Bakteri ini dapat dihasilkan dari ampas nenas yang telah diinkubasi ( diperam) selama 2-3 minggu. Starter yang digunakan dalam pembuatan nata sebanyak 170 ml.

2. Penyaringan dan pendidihan

Untuk menghilangkan kotoran yang bercampur pada air kelapa dilakukan penyaringan air kelapa dengan menggunakan kain saring. Kemudian campurkan gula pasir ( 100 g/l air kelapa ), dengan air kelapa lalu didihkan dan dinginkan.

4. Inokulasi (Pencampuran dengan starter)

Setelah dingin, pHnya diatur dengan menambahkan asam asetat atau asam cuka sekitar 20 ml hingga diperoleh kisaran keasaman (pH) 3-4. Kemudian diinokulasi dengan menambahkan starter (Acetobacter xylinum) 170 ml.

5. Fermentasi (Pemeraman)

Masukkan campuran tersebut ke dalam wadah fermentasi ( baskom berukuran 34 x 25 x 5 cm ). Wadah ditutup dengan kain saring dan diletakkan ditempat yang bersih dan aman. Dilakukan pemeraman selama 8-14 hari hingga lapisan mencapai ketebalan kurang lebih 1.5 cm.

melalui Fikky Frediandika: Biologi.

Osmosis dan difusi

I. Definisi

• Osmosis adalah perpindahan pelarut dari konsentrasi tinggi ke konsentrasi yang lebih rendah melalui membran semipermeable.


• Difusi adalah proses pergerakan acak partikel-pertikel gas, cairan dari konsentrasi tinggi ke konsentrasi yang lebih rendah


• Gradien konsentrasi larutan adalah perbedaan konsentrasi anatara 2 macam larutan

II.Persamaan

Osmosis dan difusi merupakan mekanisme nutrien pada waktu transport nutrien melewati membran yang bersifat pasif. Transport pasif memiliki arti bahwa mekanisme transport tersebut tidak melawan gradien konsentrasi sehingga tidak membutuhkan energi untuk melakukan mekanisme ini.

III. Perbedaan

Untuk memahami perbedaan tentang difusi dan osmosis harus dipahami konsepnya dahulu dengan baik. Perlu Anda perhatikan pada definisi masing-masing (silahkan baca ulang definisi di atas).

Dari definisi tersebut konsep yang perlu ditanamkan dengan baik bahwa:

• Osmosis harus melewati membran. Jadi jika terjadi perpindahan pelarut tanpa melalui membran selektif semipermeabel bukanlah osmosis tetapi peristiwa tersebut adalah difusi. Perhatikan gambar berikut :

[caption id="attachment_198" align="alignleft" width="298"] A[/caption]

[caption id="attachment_200" align="alignleft" width="300"] B[/caption]

Gambar A adalah peristiwa osmosis.

penjelasan:

Gambar tersebut adalah 2 sel yang masing-masing memiliki membran plasma dan pada gambar tersebut terjadi perbedaan konsentrasi. Konsentrasi garam sebelah kanan lebih tinggi akibatnya volume pelarutnya lebih kecil dibandingkan dengan sel yang sebelah kiri.

karena definisi osmosis adalah perpindahan pelarut bukan perpindahan zat terlarut, maka akan terjadi perpindahan pelarut dari sel sebelah kiri ke sebelah kanan.

Pada gambar B, di sana tidak nampak adanya membran semipermeabel jadi peristiwa tersebut proses difusi bukan osmosis dimana yang pindah adalah partikelnya bukan pelarutnya(jika sebuah larutan), perpindahannya juga dari konsentrasi tinggi ke konsentrasi rendah.

dengan kata lain untuk membedakan osmosis dan difusi dapat dilihat dari 2 aspek , yaitu:

1. ada tidaknya membran; jika tidak ada berarti difusi.


2. objek apakah yang pindah. jika partikel yang pindah adalah difusi.

Artikel lain :

• Macam-macam difusi


• Macam-macam transport aktif

2. Ribosom
3.Cairan plasma
4. inti sel
5. dinding sel
6. Mitokondria
7. Kloroplas
8. Retikulum endoplasma
9. Aparatus golgi
10. Lisosom
12. Sentriol,
13. Mikrotubulus dan mikrofilamen

Sentriol, mikrotubulus dann mikrofilamen

Under Reconstruction ............

Retikulum endoplasma, badan golgi dan lisosom

Under reconstruction .......

Mitokondria dan kloroplas

Pernahkan Anda bayangkan hidup dengan sedikit tenaga, atau kehabisan tenaga, atau bagaimana jika tenaga Anda benar-benar habis. Jika Tenaga Anda benar-benar habis saya pastikan kini Anda pasti sudah  ......

Pengantar di atas hanya untuk mengingatkan bahwa tanpa tenaga/energi tidak akan ada kehidupan. Nah sekarang saatnya kita pelajari siapa dan bagaimana energi/tenaga itu datang.

Dalam kaitannya dengan sitologi kita akan mempelajari organel yang berkaitan dengan energi yang diberi nama mitokondria dan kloroplas. Mitokondria dan kloroplas merupakan organ yang penting bagi sel eukariotik, sebab tanpa mitokondria sel akan mati karena energi tidak akan terbentuk. sedangkan kloroplas berfungsi untuk menyediakan material untuk mendukung proses berlangsungnya pembuatan energi oleh mitokondria.

Secara mudahnya mitokondria yang berada di dalam sel berperan sebagai penghasil tenaga melalui proses respirasi aerob.

Saya menyediakan 3 gambar mitokondria agar untuk  dan 2 gambar kloroplas Anda bandingkan.

A. Mitokondria


Mitokondria dan kloroplas memiliki kemiripan dalam hal jumlah lapisan membrannya yaitu :

• dua lapis membran fosofolipid bilayer.
• memiliki cairan

Peran utama dari mitokondria adalah memproduksi ATP yang terjadi pada membran bagian dalam. Hasil oksidasi dari proses glikolisis berupa piruvat dan NADH akan dikonversi menjadi ATP dengan bantuan oksigen sebagai aseptor elektron terakhir dan membentuk air sebagai hasil sampingannya. Peritiwa konversi ini dikenal dengan respirasi sel, atau respirasi aerob.

Mitokondria berisi ribosom dan DNA, Mitokondria mereplikasi DNAnya dan membagi sebagian besar respon energi yang dibutuhkan oleh sel. Dengan kata lain, pembagian dan pertumbuhannya tidak berhubungan dengan 'siklus sel. Ketika energi dibutuhkan oleh sel dalam jumlah yang banyak, mitokondria akan tumbuh dan selanjutnya memisah. Ketika energi yang dibutuhkan sedikit, maka mitokondria akan dirusak atau tidak diaktifkan. Pada proses pembelahan sel, mitokondria didistribusikan kepada keturunannya secara acak dalam jumlah sedikit atau banyak. Sebagai informasi tambahan menurut beberapa literatur diduga bahwa mitokondria diperoleh dari ibu.

B. Kloroplas



Bagian luar kloroplas ditutup oleh selaput yang disusun oleh dua membran yang terpisah. Seperti membran luar pada mitokondria, membran luar kloroplas juga mengandung porin yang menyebabkan membran ini permeable terhadap molekul dengan ukuran 10.000 dalton. Sebaliknya membran dalam relatif lebih impermeabel.

Banyak mesin fotosintesis terdapat pada membran dalam termasuk pigmen penyerap cahaya, kompleks rantai elektron dan apparatus pensintesis ATP. Membran bagian dalam kloroplas mengandung mesin transduksi energi yang tersusun dalam suatu kantong pipih yang disebut dengan membran tilakoid. Tilakoid disusun oleh grana. Ruang sebelah dalam tilakoid disebut dengan lumen sedangkan ruang sebelah luar dari tilakoid pada bagian sebelah dalam membran luar disebut dengan stroma. Seperti pada matriks mitokondria, stroma kloroplas mengandung molekul DNA sirkuler dan ribosom. Diperkirakan pula terdapat sekitar 60 macam polipeptida pada membran tilakoid. Setengah diantaranya dikode oleh DNA kloroplas.


Kloroplas dan fotosintesis

Pemahaman pertama menyangkut fotosintesis ditunjukkan oleh C.B. van Niel pada tahun 1930 dengan memberikan reaksi fotosintesis sebagai berikut:

CO2 + H2O --> (CH2O) + O2.

Energi dari matahari digunakan untuk memecah  CO2, melepaskan O2 dan mentransfer atom karbon ke molekul air untuk membentuk karbohidrat (CH2O). Dari melihat reaksi di atas tampak bahwa reaksi fotosintesis merupakan kebalikan dari reaski respirasi sel.  Akan tetapi tumbuhan tidak menghasilkan makanan dengan hanya membalik reaksi.

Pada respirasi reaksinya merupakan reaksi redoks. Energi dilepas dari gula pada saat elektron yang berikatan dengan hidrogen diangkut ke oksigen yang membentuk air sebagai hasil samping. Elektron akan kehilangan energi potensialnya karena oksigen elektronegatif yang akan menarik elektron melalui rantai transport elektron. Mitokondria menggunakan energi ini untuk menghasilkan ATP. Seperti respirasi sel, fotosintesis juga merupakan reaksi redoks yang membalik arah aliran elektron. Air terurai dan elektron ditransfer bersama dengan ion hidrogen dari air ke karbondioksida dan mereduksinya menjadi gula. Elektron bertambah energi potensialnya ketika electron ini dipindahkan dari air ke gula.

Persamaan reaksi fotosintesis tampak seperti suatu reaksi yang sangat sederhana dari suatu proses yang sangat rumit. Akan tetapi sebenarnya fotosintesis bukanlah merupakan suatu poses tunggal. Fotosintesis terdiri dari dua proses yang masing-masing terdiri dari banyak tahapan reaksi. Kedua tahap reaksi tersebut terdiri dari reaksi terang (fotolisis) dan reaksi gelap (siklus Calvin).

 Artikel lain:

1. Sitologi
2. Ribosom
3.Cairan plasma
4. inti sel
5. dinding sel
6. Mitokondria
7. Kloroplas
8. Retikulum endoplasma
9. Aparatus golgi
10. Lisosom
12. Sentriol,
13. Mikrotubulus dan mikrofilamen
 

dinding sel

under reconstruction .......

4. Inti sel - Nukleus

Nukleus

Inti sel atau nukleus sebenarnya adalah bentukan dari sebuah membran fosfolipid bilayer, merupakan struktur yang sama dengan membran plasma sel.

Secara garis besar, membran inti terdiri atas tiga bagian, yaitu

1. membran luar,
2. ruang perinuklear, dan
3. membran dalam.

Membran luar dari nukleus akan membentuk retikulum endoplasma (RE) kasar. Sifat membran inti yang tak permeabel terhadap sebagian besar molekul